捕らえた龍を解体し、それを売って、旅をする……今はその数も少なくなった、現役の捕龍船クィン・ザザ号。新人のタキタは、ミカ達ベテラン船員の鮮やかな龍捕おろちとりを目の当たりにし息を飲む。その後、一行は早速近くの市まちに降りて龍の肉や油を人々に売り捌く。久々の地上で、船員たちはほっと一息。だがそれも束の間、新たな龍が現れ、隣市となりまちが危険との情報が！ やがて遭遇した龍は、クィン・ザザ号に対してやけに好戦的な態度を示す。その理由とは……？

クィン・ザザ号に乗り込んでから3ヶ月経ち、新人のタキタも少しずつ仕事に慣れてきた。そんな彼女が甲板でひとり風に当たっていると、手すりに奇妙な鳥が。……いや、違う。龍だ！ 鳥のような小ささでも龍は龍。捕まえればかなりの儲けに違いない!! タキタは甲板から船内へと紛れ込んだ龍を密かに捕獲しようと奮闘する。しかし、なかなか見つけられずにいるうち、ギブスが何者かに襲われ負傷。事態は船全体を巻き込んだ、大騒動へと発展する。

捕龍船といえども、龍と戦ってばかりではない。空の上にも平時の職務はある。見張り台の当番をしていたジローは、天測で雲行きが怪しいことに気がついた。そんなこととは知らず、非番の者は賭けに興じたり、二日酔いでへばったり、古くなった龍の肉を燻製にしたりと、自由きままに過ごしていた。しかし、船の責任者と会計士は頭を抱えていた。このまま龍が捕れなければ大赤字!! しかもジローの見立て通り、船の前方には嵐を伴う巨大な雲が迫りくるのだった!!

タキタが偶然見つけた一枚の紙。そこには眠るヴァナベルの艷やかな姿が！ こんな絵を描くために女の寝室に忍び込むとは……けしからん！ 状況証拠で絞り込まれた容疑者候補は3人。船員たちは面白半分で犯人を絞り込もうとするが、ヴァナベル本人はといえば、馬鹿げた騒動を気にすることもなく、物思いに耽っていた。そこに現れた中型の龍。戦いの最中、ミカの姿にヴァナベルが感じたものは――。

大きな市まちでの久々の補給を目前に、浮かれた調子のクィン・ザザ号の船員たち。ここのところ龍をほとんど捕獲できておらず、航行中のほぼ唯一の楽しみである食事もすっかり貧しい内容で、体も心も疲れきっていた。稼ぎの少なさは気になるところだが、それでもどこかにとどまっての休みは喜ばしい。しかし、海上で貨物船の救難信号を見つけたことから、事態は急転直下。ザザ号は貨物船を救出しようとするが、そこに一隻の飛行船が現れる。その正体は――空中海賊だった！

港市みなとまちクオーンに、クィン・ザザ号は補給と船の修理のために降り立った。一仕事終えた船員たちの多くは、久々の陸おかを堪能しようと酒場へ繰り出す。そんな中、ミカは初めて龍の解体を経験したことで心ここにあらずなタキタを気遣い、一緒に市まちに向かう。そして、「千剖士せんぼうし」という龍を解体・加工して暮らす一族を訪ねる。そのころ酒場では、ザザ号と他の船の龍捕りのあいだで乱闘が勃発。ジローはその騒ぎから、カーチャという名の可憐な少女と出会う。

クオーンの平和は、一瞬にして破られた。組合の飛行船が曳航してきた、大型の龍。毒によって仕留められていたはずのそれが突如息を吹き返し、市中まちなかで猛威を振るい出した。放たれる激しい熱閃で、至るところに火の手が上がり、傷の苦痛にのたうつ巨体で、瓦礫の山が築かれる。寄港していた船は次々と逃げ出すが、市まちの住人たちに逃げ場はない。クィン・ザザ号も決断を迫られる中、ジローは市の人々を守ることを主張する。その熱意とミカの食欲が、龍捕りたちの気持ちを動かす。だが、大型龍の力は並大抵ではなかった。

空中と地上からの攻撃を組み合わせた捕獲作戦が思うように進行せず、未だ燃え続ける市まち。大型龍によって破壊された、カーチャのいた娼館の残骸を前に、衝撃を隠せないジロー。そうして立ち竦むあいだにも、手負いの大型龍は被害をさらに拡大させていく。このままでは、製油工場にまで火の手が及ぶのは時間の問題。だがそんな状況を前にして、ジローは何かに突き動かされるように、大型龍に挑みかかる。

大型龍の解体が始まった。その近くで、クオーンの人々は総出で炊き出しを行うことに。予定されていた祭りが中止になり、そのために揃えていた食材がふんだんに使えるとあって、料理上手な人々の腕が鳴る。クオーンの郷土料理である「釜煮」は、それぞれの家庭にこだわりの味があることもあって、ちょっとした料理対決のような雰囲気に。だが、そんな楽しい時間が、いつまでも続くわけではない。元の日常に帰る朝、クィン・ザザ号が、ふたたび空へと上がるときがやってきた。そのとき、ジローは……。

クオーンを出たクィン・ザザ号の次なる目的は、「龍の回廊」という特別な場所。辿り着くためには、山岳地帯の崖のあいだを飛び、強い上昇気流に乗り、厚い雲の上に抜けなければならない。危険な飛行を無事乗り切り、狙いどおり、回遊してきた「渡り」の龍の群れと遭遇できたクィン・ザザ号。しかし、捕龍の最中、タキタが獲物とともに、船の甲板から谷底へと落下してしまい…!?

船から落下したタキタの無事を信じ、捜索を続けるクィン・ザザ号の仲間たち。当のタキタは、アスケラと名乗るマタギの少女に助けられ、拾った子龍を連れてキャンプで保護されていた。命の危機こそ去ったものの、万全ではない体調。船に戻るための方法も、まったく考えが及ばない。だが、タキタはそうした自身の抱える問題以上に、食事をせず、日々衰弱していく子龍の様子を気にかけていた。

火山の噴火に誘われて、大量の「渡り」の龍の群れが周囲に現れる。さまざまな種類の龍が入り乱れ、中には別種の龍を喰らう龍までいる。そんな壮絶な光景を前に、ミカやヴァナベルら、クィン・ザザ号のすべての船員が、それぞれの役割を果たしながら、全身全霊で龍捕りとしての生き様を示していく。それを目の当たりにしたタキタもまた、背中に子龍を背負いながら、龍捕りとして為すべきことをやり遂げようと、決意を固める。