デュエマ大好きな小学5年生・切札ジョー。ある日ジョーは、夢の中で不思議な声を聴く。相棒のデッキー、そして友達のキラ・ボルツ・キャップ・もも達と謎を解明すべく、切札家の地下を探索する。果たして、何が起こるのか・・・？！新たなる物語、「王来篇」スタート！！

謎の巻物に「12枚の伝説のカード」を見つけるよう命じられたジョー。カードを見つけるための鍵は、どうやら過去にあるらしい。過去に飛び込むため、ジョーは新たなクリーチャー・ピョンチキを生み出す！その一方で、同じく伝説のカードを集めようと目論む「ガットルズ」が暗躍し始めて・・・？

ジョー達と同じく伝説のカードを探している謎の組織・ガットルズ。彼らを従えるジェンドルは、新たな仲間を入れることを画策していた。狙いは「破壊王ライトニング・ジェレミー」と自ら名乗る男だ。決して強くはないジェレミーをスカウトしようとするジェンドルの狙いとは一体・・・？

今まで見たことのないカードを使うデュエリストが周りに増えていることを訝しむジョー達。その前に現れたのは、かつて世界を滅ぼそうとしてゼーロの息子・ゼーロジュニア！どうやら彼も伝説のカードを探して過去の世界へ飛び回っているらしい。先を越されないよう、ジョーは意気込むが・・・

なかなか伝説のカードを見つけられずにいるジョー。キラ達と河越の街を歩いていると、突如ピョンチキがカードの気配を察知する！その場所はなんと、人々からお化け屋敷と呼ばれている家だった！！そこでジョー達は「三種の神器」の看板を発見する。果たしてカードの手がかりになるのか？！

どこへ行くときもジョーと一緒の相棒・デッキー。ある休日、ジョーはいつものようにデッキーと出かけようとすると姿が見当たらない！どうやら誰かにさらわれてしまったらしい！！モモキングとピョンチキが必死に探していると、なぜか次々とデュエマを挑まれるキラの姿が？！

巻物に新たなクリーチャーのシルエットが出現した！ジョー達が次に探しに行くのは・・・ガイアール・カイザー！！早速ピョンチキの力で過去へ向かうジョー達だが、たどり着いたのはなんと江戸時代だった。果たしてこの時代に手がかりは見つかるのか？！

ガイアール・カイザーの手がかりを求めて過去にタイムスリップしたジョー達。しかし、そこに待ち構えていたガットルズの罠にはまり、ジョーとキャップはヒミコに洗脳されてしまった！一方、行方不明になってしまったボルツ！ジョー達はこのピンチを乗り越えられるのか？！

見たこともないカードを次々と繰り出すガットルズに対し、ジョーは闘志を燃やしていた。そんなジョーの前に現れたのは、ゼーロジュニア！どうやらジョー達の知らないところでガットルズと接触しているらしい。その一方で、ジェンドルは次の一手に向けて動き出そうとしていた・・・

ジョーの前に立ちはだかるのは、ジェンドルの切札・聖魔連結王 ドルファディロム！アルカディアスを白鳳のもとに戻すべく、ジョーは闘志を燃やしていた。ジョーとジェンドル、直接対決もいよいよ後半戦！勝負の行方は果たして・・・？

アルカディアスと心が通じ合ったことが嬉しくてたまらないジョーは、絵を描いてその思いを表現していた。こうして誕生したのは、ハッピーな感情があふれ出す新たなるジョーカーズ！しかし、このジョーカーズがきっかけとなり時空が滅茶苦茶になってしまい・・・？

ハイドにガイアール・カイザーを奪われてしまったことをずっと悔やんでいたボルツ。そんなボルツの前に現れたのは、ガットル3のエスパー・マギだった！しかもマギの手には、ガイアール・カイザーが！！ボルツは奪還のチャンスをものにすることができるのか！？

次なる伝説のクリーチャーが巻物に浮かび上がったとき、突然石になってしまったボルツとキャップ！ジョーとキラは危険な力を持つクリーチャーを探し出すために、禁断の古代遺跡へ向かった。遺跡ではジェンドルとヒミコが現れて・・・

ジェンドルによって新たなディスペクターが生み出される。犠牲となってしまった光文明伝説のクリーチャー・ミラダンテを救うべく、ジョー達は作戦会議をしていた。そこでボルツは、ガットルズをだましてカードを奪い取ることを提案。正義に反するこの作戦、果たしてうまくいくのか？！

かつてデュエマーランドで大人気だったマスコットキャラクター・デュエマウス。そんなデュエマウスの現在を明らかにする番組を偶然みかけたジョー達は、いまもなお夢を追い求める彼の姿に感動するが・・・

ドキンダムXの弱点を探すべく、赤城山バサラを探しているジョー。デュエマウスに、ジョーの母・るるが知っているのではないかと助言を受け、早速聞いてみることに。しかし、今のるるはバサラがどこにいるかを知らなかった。そこでジョーは、ピョンチキの力で昔のバサラがいる時代へ向かうことに！

過去にタイムスリップして赤城山バサラを探すジョーだが、なかなか見つけられずにいた。思いがけず有力な手掛かりを得たものの、たどり着いたのは別のデュエリストがいる場所だった。ようやくバサラに会えたジョー。ドキンダムXの弱点を教えてもらうことはできるのか？！

光文明の影響を受け、様子がおかしくなってしまったモモキング！ジョーに対する態度も変わってしまい、周囲は大困惑。そこに目を付けたのはガットル2・ヒミコ！モモキングを罠にはめようと画策していて・・・？！

ガットル2・ヒミコにモモキングが奪われた！ヒミコは、ボルツを操ってジョーをさらに追い詰めようとする。心配するダチッコをよそに、ジョーを陥れようと暴走しかけるボルツ。しかし、そこにパワーアップしたキャンベロが現れて・・・！？

ドキンダンテを倒すため、喫茶たきがわで切磋琢磨しているジョーとキャップ。打倒ドキンダンテに燃える２人だが、ガットルズのアジトへの手がかりがつかめないでいた。そこにやってきたキャップとスマホン。どうやら何かを知っているようで・・・？

ジョーはドキンダム・モモキングXを使いこなすため、新たなる闇文明のジョーカーズを生み出した。しかし、闇文明の影響を受けたジョーが何やらおかしいことに！さらにはキラやボルツ、キャップやももまでもを巻き込んで大変なことに！！この窮地を救えるのは、闇文明のあの人しかいない？！

モモキングダムXを手にしたジョーは絶好調！しかしそんなジョーを狙う男の姿が！！現れたのは、ガットル３のエスパー・マギ！デュエマを挑まれ余裕のジョーだが、なぜかマギは次から次へとジョーの引き当てるカードを見事に予知していって・・・。ジョー、絶体絶命のピンチ？！

伝説のクリーチャーを求めて昔のアメリカへ向かったジョー達。そこに現れたのは、ロマノフファミリーのボスの娘・モモリーヌ！その姿は、ももと瓜二つで・・・？！モモリーヌはロマノフとどのような関係とは一体！？そしてジョー達は、カードを手に入れることができるのか・・・

伝説のカードを集めようと、ガットルズに闘志を燃やすジョー。そんなジョーのところに、突如鬼ヤバ最強動画専門の悪魔系ヨーチューバー・ブラックがやってきた！どうやら、動画に出れば欲望を叶えてくれるらしい？！ジョーは果たしてこの悪魔と契約してしまうのか？！

美しい森に囲まれたとある町。ここである日、一人の少女・ヘレナが行方不明になってしまった。懸命に捜索するヘレナの父だが、なかなか居場所の手がかりがつかめないでいた。このままでは娘が危ないと焦る父親の前に、とある救世主が現れて・・・！？

行方不明になっていた少女・ヘレナ。彼女をさらった疑いをかけられたジョーは、牢屋に閉じ込められてしまう。一方で伝説のカードを手に入れるべく動き出すガットルズ。しかし、ハイドだけは余裕の表情で・・・？ジョーは脱出できるのか、そして伝説のカードの行方は？！

いまだジョー達の前に現れていない伝説のカードは、残り３枚！そのすべては、切札家に関係したカードだった！！ジョー達は、ジョーの父・切札勝太の兄である切札勝舞の時代へ・・・！果たして、どのような歴史的デュエマが待ち受けているのか？！

小学生の切札勝舞と戦ったジョー。なんとその後、勝舞がジョーの時代についてきてしまった！気にすることもなく、次のカード探しに出発しようとするジョー。行先は、父・切札勝太の小学生時代であった！！ジョー、勝太、勝舞が大集合？！一体どうなる・・・？

残る伝説のカード・ガイギンガを求め、ジョーは父である勝太の中学生時代にタイムスリップ。一方、同じくガイギンガを狙うハイドは、いち早く勝太にデュエマを挑むが、戦いを拒まれてしまい・・・。ジョー、勝太、勝舞が勢ぞろいのストーリーは、いよいよ最終章へ！

ついに出そろった12枚の伝説のカード。勝舞・勝太から譲り受けたカードで、ジョーは絶好調！その一方で、思うようにカードが集まっていないことに心穏やかではないジェンドル。カードを回収すべく奔走するガットルズだが、ハイドだけは何やら不穏な動きを見せていて・・・

ジェンドルの右腕、ガットル１・ハイド。ジェンドルに従い、ジェンドルのためにカードを集め、常に完璧であることにこだわり続けてきた。敗北を知り、完璧ではなくなってしまったことに動揺するハイドだが、新たな企みを胸にジョーのもとへやってきて・・・

伝説の12枚のカードが、ジェンドルのもとに渡ってしまった！ジェンドルは最強のドラゴンを復活させる儀式を開始する。ジョー達、絶体絶命のピンチ！！果たして復活の儀式の方法とは？すべてはジェンドルの思い通りになってしまうのか？！

ジェンドルの望み、それは巨大ドラゴンの復活だった。彼の手で呼び覚まされたドラゴンは、世界中の歴史的建造物を次々と消し去っていった。一方で、突然苦しみ始めるモモキング。心配するジョーだが、その様子は悪化の一途をたどっていた。

新たな力を手にして、見事復活したモモキング！ジョーは進化したモモキングとともに、ガットル１・ハイドに挑む！絆の力で絶好調のジョーだが、常に完璧を求めるハイドも鬼気迫る表情で怯む隙を見せない。全力でぶつかり合う二人、勝利を掴むのは・・・？！

ジョーとモモキングによって自らの理想の世界が崩れてしまうことに苛立ちを隠せないジェンドル。いつも冷静な姿を見せていたために、ガットルズは戸惑い始めていた。一方ジェンドルに一矢を報いたジョーは、なぜか浮かない顔をしていて・・・？

ジェンドルの究極の切札・ヴォルゼオス・バラモルド！3枚のカードをそろえることで召喚することができる、最強のディスペクター。その実態は、巨大ドラゴンをジェンドル自身の体内に取り込んで作り出されたものだった！ジョーはモモキングと絆の力で「最強」に挑む！

モモキングのさらなる進化を目指すジョー達は、光文明の予言書に手がかりを求める。予言書に書かれた「十二の王来に導かれ、桃の王、覚醒す」の文字・・・。予言書をもとに向かうのは、過去の５文明！早速ピョンチキの力でタイムスリップするジョー達だが、ガットルズも動き出していて・・・？！

ヴォルゼオス・バラモルドを倒すため、古代の５文明へ旅立ったジョー達。ジョーとももは自然文明、ゼーロジュニアが闇文明へ行っている間に、キラは光文明、キャップは水文明へそれぞれの文明のドラゴンを探しに行っていた。しかしそこにはガットルズが待ち構えていて・・・？！

炎龍神ヴォルジャアクの力を借りるため、太古の火文明へ向かったボルツの帰りを待つジョー達。戻ってくるのが遅いことを心配したジョーは、ピョンチキの力で後を追う。再会したボルツは、火文明で危険な目に遭ったというが、そのピンチを救ったのは意外な人物で・・・

ジェンドルの怒りに触れ、見放されたガットルズ。そんな中、ガットルズの前でジェンドルに反旗を翻すことを宣言するハイド！とまどう面々であったが、ハイドの後を追うことを決意する。一方ジョー達は、モモキングのさらなるパワーアップの方法を模索していた。

ジェンドルを倒すために、ジョー達はモモキングパワーアップの方法を探っていた。なかなか突破口がみえない中、巻物が突如光り出す！そこに現れたのは、ジョーカーズ星！手がかりをつかむためジョー達はすぐに向かったが、ジョーカーズの様子がに異変が・・・。

暴走が止まらないジェンドルは、ジョーの存在を歴史から消し去ろうとする。次はいよいよジョーに関する場所を次々と消そうと目論んでいて・・・そこでデッキーが考え付いた秘策とは？！ジョーはジェンドルの野望を止めることができるのか？！

ジェンドルの猛攻止まらず、絶体絶命のジョー！！それでもデュエマが楽しくない未来をなくすため、必死に食らいつく！仲間達が見守る中、絶対にあきらめないジョーは勝利を掴めるか？デュエマの未来を決めるのは、ジョーとジェンドル、一体どっちだ？！