高校受験に悩む平均的中学生、千川つとむの身に降りかかった宇宙規模の災難。星間犯罪者クリステラ・レビ一味を追って地球へと潜入した連邦捜査官、バーディ・シフォン・アルティラの誤認攻撃によって瀕死の重傷を負ったつとむは、延命のため知らぬ間にバーディーと合体させられてしまう。見知らぬ異星人の美少女捜査官と「二心同体」となったつとむは、地球の平和のため変身ヒーロー（ヒロイン？）として大活躍するハメに！

バーディーこと「二心同体」の変身ヒーローとなってしまったつとむ。平凡から非凡な受験生となった彼に、合格発表という人生最大の日が訪れた。なのにあいも変わらずバーディーには勝手に身体を使われた上、不安のあまり受験番号もまともに見ることが出来ない始末。踏んだり蹴ったりのつとむは、楽観主義のバーディーに対し怒りが爆発！ 「二心同体」の二人は、いま一つうまくいかない…。一方、レビの命令で研究を続けている氷川。バーディーとつとむの行動を監視し続けるゴメス。既に彼らによって、つとむの想像も及ばない何かが現実に起こり始めていた。

地球人を実験台にするというレビの残虐な行為を目の当たりにしバーディーへの協力を決意したつとむ。そんな中、氷川の実験は確実に地球人類を巻き込み規模を拡大していた。そして計画の邪魔となる銀河連邦捜査官を排除するべく氷川はレビ側近の少女型アーカソイド、オンディーヌにバーディーの抹殺を命じて…。

飲料水に特別な物質を混入し地球人の脳を刺激させサイパワーを引き出すという「スピリッツ計画」。オンディーヌとの熾烈な戦いを終えたバーディーとつとむは、メギウスよりレビの計画を教えられ愕然とする。大切な人たちに危険が迫っていることを知り、怒りを感じながらもつとむは敵の脅威的なパワーに怯えてしまうが…。