中学時代にいじめを受けていた革は、高校で親友ができたのも束の間、親友の裏切りにあってしまう。一方、異世界（天和国）の少年・アラタは、天和国を統治する存在、“秘女王”交代の儀に、女に扮し参加していた。 その最中、秘女王の臣下である十二神鞘がクーデターを起こし 、アラタは襲撃の罪を着せられ逃亡、 “森に喰われた者は別人になる”という神開の森に逃げ込んで――！？

革と入れ替わりで現代へと転送されたアラタは、そこで革の家族と出会う。 一方、天和国で劍神の力を操る“鞘”に選ばれた革は、その事実に困惑するばかり。そんな中、クーデターを企てた十二神鞘のカンナギは、革の劍神の正体を知るべく、逃げた革を探し出そうとする。そこに同じ十二神鞘のアカチが現れ、革を捕えて裁判にかけると言い出す。

“最果ての地獄”と呼ばれる流刑地「ガトヤ」へ流された革とコトハは、到着早々カナテとギンチという二人の少年に襲撃される。ガトヤでは、秘女王襲撃の“犯人”である革に関する噂が流れていたのだ。辛くもその場は逃れた革だったが、ガトヤの一部が崩壊したことにより、コトハと離れ離れになってしまう。

ガトヤの管理者・ツツガの“審判”により、さらわれたカナテとギンチ。二人を探していた革は、ツツガの目の前で命を賭けて戦う二人を目撃する。勝った方を“無罪”にするというツツガに対し、革は劍神を抜き、怒りをぶつける。しかし、劍神の力を呼び出すことができず、窮地に陥ってしまい──。

革と入れ替わりで現代に転送されたアラタに対し、家族たちはいつもと様子が違う革に困惑しつつもなんとか会話を成立させようとしていた頃、ガトヤを脱出した革たちは、首都を目指していた。その途中、革は天和国の秘女王と十二神鞘の関係を知る。さらに、出会った民たちから、秘女王が倒れたことで世界が荒れると聞かされて……。

旅の途中に倒れたアラタを助けてくれたカンナギの属鞘・オヒカ。そんなオヒカの家に、十二神鞘のアカチが現れ、自らの属鞘となれと告げる。カンナギに忠誠を誓っているオヒカはそれを断るが、そんな彼に対し、アカチが取った行動は──。そして、アカチの一連の言葉を聞いていた革は……。

革と入れ替わりで現代にやってきていたアラタは学校で門脇に出会い、“試合”をすることに。一方、天和国では首都への旅の最中に、コトハが足をくじいてしまい、革たちは廃村で休息を取ることに。革と二人きりになったコトハは、勇気を振り絞ってある行動に出る。

カンナギの過去を知り、改めて天和国を変える決意をした革。カナテに剣術の稽古をつけてもらいながら、首都を目指して旅を続けていく。その頃、現代日本のアラタは、革を裏切った優と出会う。罪悪感でいっぱいの優に門脇の元へと案内してもらったアラタ。そこで門脇から革に対する思いを聞くのだが……。

門脇が天和国に現れた！　困惑する革だったが、門脇から数々の憎しみの言葉をぶつけられ、その気持ちに変化が表われる。その後、門脇の存在と自分の変化に呆然とする革に対し、カンナギが強い言葉をぶつけてくる。それでも迷いを断ち切れない革。そんな革に、カンナギは──。

十二神鞘の一人・ヨルナミの治める領地へとたどりついた革たち。革は、ヨルナミ本人に会う前に彼の人柄を知るため、彼の属鞘に会おうと考える。属鞘の一人であるヒルコが治めるスズクラの街を訪れた革たちだったが、街に入るためには通行税を取られると聞き──。

革たちはヨルナミの城・玉依ノ宮までやってきたものの、ヨルナミの力によってコトハが捕えられてしまう。コトハを追って王宮へと入った革の前に、ヨルナミが姿を見せる。ヨルナミは、コトハを助けたければ「自分を降すか、自分に降るように」と告げ、革に戦いを挑んでくる。

ヨルナミとの戦いの最中に、門脇が再び姿を現わす。門脇は“降し合い”をするために鞘になったと言うが、革はその言葉に納得できない。そんな革に構わず、門脇は劍神を振るってきて……。革と門脇──現代と天和国をまたいだ二人の信念が、ついに激突する!!