とあるマンションの地縛霊から「謎の怪異」の相談を受ける琴子。夜な夜なマンションの空き部屋から怪音が聞こえ、そこには四本腕の人非ざる姿の人形が落ちているという。正体を突き止めるため、九郎と一緒に調査へ向かうことにする琴子だが…怪異たちの秩序を守るため、知恵の神・琴子の推理が始まる！

11年前、雪山で雪女に命を助けられた過去を持つ室井昌幸。仲間と妻に裏切られ、極度の人間不信に陥った彼は、雪女と出会った山の麓の町に移り住んだ。その町中を散策している時、昌幸の目に飛び込んできたのは偶然にもあの雪女と同じ容姿をした女性で……！？

離婚した妻の死により、警察に殺人の疑いをかけられた昌幸。遺体の手のひらには、昌幸に不利となるダイイングメッセージも見つかった。無実を証明できるアリバイの証人は殺人時刻に一緒いた雪女のみ。しかし、怪異が警察に証言するわけにもいかない。真犯人を見つけるため雪女は琴子の力を頼ることに。

真実と虚構を織り交ぜながら事件の核心に迫っていく琴子は、真犯人は分かっていると断言する！さらに、昌幸はすでに殺人の疑いによる危機的状況も脱しており、ダイイングメッセージは真犯人が昌幸を犯人に仕立てるために書いたものだと。明らかになっていく残酷な真相に昌幸は耐えられるのか……。

琴子と九郎から隠れ、一人アパートに移り住んでいた六花。鞄ひとつで入居してきて保証人もいない六花は、三人立て続けに自殺者が出た事故物件を借りていた。大家の紺野和幸は、車にはねられてもケガをせず、事故物件にも動じない六花を不思議に思い、引越しの経緯や自殺者についての質問をするのだが……

港町で化け猫と暮らす嶋井多恵。漁港に立ち寄るとそこには大量の魚の死骸が打ち上げられており、町民たちは「善太の祟り」と恐れていた。亡くなった孫の姿を木の人形に模して死んだ戸平善太。夜中に歩き回るようになった木の人形。まるでピノッキオの童話が連想されるような異変が起きていて……

怪異たちに頼まれ多恵を訪ねてきた琴子。夜になると電撃で無差別に魚をショック死させる木の人形は、この地に落ちた「ある異物」の力が秘められており、この世の理とは相いれない力を持つことが分かった。早速、人形の排除に取り掛かる琴子たちだが、人形にはある秘密が隠されていて……！？

ホテル経営や様々な事業を展開する音無グループの会長・音無剛一が、密に琴子との面会を申し出る。剛一は、かつて路上強盗によって妻を亡くした事件について、自分が黒幕だったと告げる。そして余命が僅かとなった今、自分が殺人犯である真実を子供たちに詳らかにしたいのだ…と琴子に願い出る。

『私は二十三年前、妻の澄さんを殺した。それが真実であると説明せよ。そして、その課題に最もうまく応じたものに遺産相続の優先権を与える』。剛一が出した課題に向き合う親族たちであったが、琴子はふと疑問を投げかける。偶然にも剛一の子供達全員にアリバイがあるのはなぜか？事態は思わぬ展開を迎えて……

殺された澄の人生を思い返す音無莉音と亮馬。澄は父親の音無伝次郎の方針に従って生きてきた。人生を捧げてグループを発展させてきたが、その成功法則は続かず崩壊寸前まで迫ってしまった。そんな時、澄の殺人事件が起きてグループは助かった。莉音はその経過から事件の真相がわかったかもしれないと言い……！？

莉音が出した回答を音無剛一は是とした。しかし、その回答を翻し「澄の死は自殺ではなく真犯人がいる」と言い切る琴子！彼女はまだ明かしていない妖狐から聞き出した「ある重大な事実」を握っていた。一体真犯人は誰なのか！？

老舗のうなぎ屋。強盗殺人で妻・雪枝を亡くした梶尾隆也は、友人の十条寺良太郎から問い詰められる。雪枝を殺害した犯人は隆也ではないか、そして、疑われないよう憔悴した様子を装っているのではないかと。事件は奥の席で特上うな重を食べていた琴子を巻き込んで、怪異が絡んだ非日常の様相を呈していき……！？