最悪の敵から逃れようともがく上陸班を救出するため、パイクはすべてを懸け、覇権の境界線を越えて大胆な作戦に挑む。

連邦記念日を祝う式典の準備に余念がないスポックやエンタープライズのクルーたち。だが、突如現れた「招かれざる客」によって事態が一変する。

パイクとムベンガはバテルの治療に必要な物を得るため、クリンゴンとの係争地帯に潜入する。危険な惑星に降り立ったムベンガは、そこで自らの秘めた過去と向き合うことになる。

ラアンは、自分だけが解ける架空の事件を題材にし、プロトタイプのホロデッキをテストする。しかし次第にリスクが増していき、ついにはエンタープライズの運命まで左右すること

チャペルとコービーは人類進化の新たな段階を探るため、エンタープライズと共に古代遺跡の眠る惑星へ向かう。そこでは深い謎と恐ろしい秘密が待ち受けていた。

ジェームズ・カーク大尉がＵＳＳファラガットの船長席に就いた日、最悪の事態が起きた。恐ろしいスカベンジャー船にエンタープライズが拿捕されたのだ。しかし異星人の正体は、見かけとは違っていて…

戦火に苦しむ惑星に支援物資を運ぶエンタープライズ。だが、積み荷には物議を醸す真実が隠されていた。パイクとクルーに、任務を撮影していたジャーナリストから厳しい目が向けられる。

数名のエンタープライズのクルーが、任務のためにバルカン人化した。しかし地球人に戻る時、思わぬ問題が生じる。

有毒ガスに襲われる月に不時着したオルテガス。助かる可能性がほとんどない中、生き延びるために自分の信念を問い直す。

太古の邪悪な生命体が再び姿を現した。その脅威の拡大を食い止めるため、パイクは人生で最も苦しい決断を迫られる。