１９９５年、東京。阪神淡路大震災のニュース映像を見続けていた未名（橋本愛）は、突然家を出ていく。夫の小村（岡田将生）は、妻の行方も分からないまま、後輩に依頼された「届け物」をするため釧路へ赴く。妻はなぜ出ていき、どこに行ってしまったのか？小村は、釧路で出会った女性たちに奇妙な旅へと導かれていく。

2011年、茨城。家出して海辺の町に暮らす順子（鳴海唯）は、流木を集め焚(た)き火をするのが趣味の画家、三宅と出会う。順子は、自分と同じくこの町に流れ着いた三宅に惹(ひ)かれ、いつしか焚き火を共にするようになる。３月11日の明け方、焚き火の大きな炎を前に、神戸にいた三宅の過去が明かされていく。

善也（渡辺大知）は、熱心な宗教団体の中で、母親から「神の子ども」と言われ育ったが、２０１１年、東日本大震災を機に信仰をすてた。９年後の２０２０年、善也は、地下鉄の中で、耳の欠けた男を見つける。それは父親かもしれない男の特徴だった。自分の父親とは誰なのか？はたして神とは？善也は男を追いかけていく。

２０２５年、東京。銀行を定年退職し漫画喫茶で暮らす片桐（佐藤浩市）の元へ、突然巨大な“かえる”の姿をした「かえるくん」が現れ、間もなく地震が起こるという。「かえるくん」は30年前にも片桐と共に戦い、東京を地震から救ったと言うが、片桐にはまったく身に覚えがない。再び、２人の戦いが始まる。