戦国時代、忍者たちは妖怪ヌラリヒョンを封じ込めた。時は過ぎ現代。忍者の子孫であるサスケとサイゾウは男に大金の入ったバックを神社へ届けるよう頼まれるが、現れた忍者に襲われ、誤って封印の扉を開けてしまう・・・。

カッパとロクロクビ夫婦の悪事をつきとめた3人は、カクレンジャーに変身して彼らを撃退する。忍者戦隊の戦いが今、始まった。

アメリカから5人目の戦士、ジライヤが帰って来た。妖怪に奪われた巻物を取り返すため、カクレンジャーをも欺くジライヤは、アズキアライのアジトに潜入するのだが・・・。

セイカイが信号無視で逮捕されてしまう。救出に向かった鶴姫たちも、警官に化けたアズキアライによって捕らえられてしまった。一人残ったサスケは仲間たちを救うため、妖怪に化け・・・。

サイゾウと少年が、突然迷路の中にさそいこまれてしまった!! 2人をゲームに使うヌリカベとモクモクレン。サイゾウは妖怪たちのたくらみを阻止できるのか!?

王子様に化けたモクモクレンの術にかかり、結婚の約束をしてしまう鶴姫。王子様の正体を知るが、妖怪裁判により、別れるためには鶴姫自身の目玉を焼かなくてはならないと言われ・・・。

セイカイの体内にガキツキが入りこんでしまった。すさまじい勢いで食べ物を食べ、巨大化するセイカイ。ガキツキをセイカイから追い出すため、鶴姫たちの作戦が始まった。

子供たちが神隠しにあい、次々と行方不明になってしまった。子供たちを食べようと企む、化け猫の仕業だ。ネコマルに導かれて化け猫屋敷を訪れた鶴姫たちに、罠が迫る。

テレビが大好きなドロタボウが、自分を映せと大暴れ。街は大パニックになってしまった。ドロタボウに破壊をやめさせるため、ジライヤはテレビのため、1対1の勝負を挑んでくる。

さびしがり屋のコナキジイヤが、家族をつくるために人間の魂を奪って人形を与えだした。サスケは赤ん坊に変装。コナキジジイをおびき寄せて、人々の魂を奪い返した。

古着のマーケットを開く少女・ツバキ。彼女に一目ぼれしたセイカイはマーケットで働くことに。だが、リサイクルが気に入らないシロウネリが出現、マーケットは大混乱になり・・・。

ユガミ博士の「今世紀最大の発明・黒の玉」に次々と子供たちが誘拐される。一体博士は何を企んでいるのか・・・。作戦が進行する中、カクレンジャーは1人の少年と出会い、彼の住む町の人々が何者かに操られていることを知るのだが・・・。

ところ構わずコインを投げまくる妖怪カネダマ。投げられたカネダマコインは、人々に災厄をもたらす効能を備えていた。地道にケーキ屋を営む夫婦に次から次へと災厄が。そこへ「妖怪払い」を名乗る男が現れるのだが・・・。

腹痛を起こし、病院へ行くことになったセイカイ。だが、その病院は様子がおかしく、このまま診察を受けるのは危険だと判断したセイカイが病院から抜け出すと、なんと医者が走ってネコマルを追いかけてきた。その正体は人間の健康を害する妖怪だったのだ!!

貴公子ジュニアが、強力妖怪・シュテンドウジ兄弟を妖怪監獄から出す。さらには女忍者5人からなる「花のくノ一組」に命じ、カクレンジャーを迷いの森へおびき出すのだが・・・。

本格的に始動してきた貴公子ジュニア。迷いの森で分断されたカクレンジャーは次々と倒れる。1人残されたサスケは、4人を助け、彼に打ち勝つことが出来るのか!?

サイゾウが、貯金をはたいて車を購入した。しかし、買ったばかりの車が魔剣を操る謎の赤いボディコンの女によって斬られてしまい、なんとサイゾウの服も斬られ、あわれなパンツ一丁姿になってしまう。赤い女は一体何者なのか・・・。

謎の少年を捕らえようとするジュニア。少年は妖怪ザシキワラシであった。ジライヤは悪い妖怪ではないザシキワラシを守ろうと、懸命に戦うが、ザシキワラシはジュニアに捕まってしまう。洗脳手術を受けたザシキワラシは凶悪な妖怪になってしまい・・・。

トンネルの中で、カップルの乗った車が何者かに襲撃される。カクレンジャーは妖怪の仕業と見て、捜索する。事件を起こしていたのは妖怪ツチグモ。ザシキワラシの件でジュニアへの怒りが頂点に達したジライヤたちは早速ツチグモを倒そうと躍起になるが・・・。

無人の車に追いかけられるサスケと少年。ジュニアはサスケを変身できない状況にした上で攻撃しようとたくらみ・・・。さらに、再び現れた花のくノ一組に苦戦するサスケだが・・・。

弟子に恵まれず悩む忍者、大五郎。そんな彼に同情したカクレンジャーはあの手この手で忍術を宣伝し、彼の流派を活気付ける。しかし、これは全て妖怪がカクレンジャーの技を真似るための大掛かりな芝居だったのだ!!

妖怪エンラエンラの出現で、街は大パニックに陥る。笑いガス・泣きガス・痺れガスで攻撃するエンラエンラの前に、カクレンジャーも手も足も出ない。やがて無敵将軍までも戦闘不能状態になってしまい・・・。

鶴姫はカクレンジャーとして戦って初めて迎える誕生日に、4人にプロミスリングをプレゼントする。改めて共に戦うことを誓った5人の前に、妖怪ウミボウズが現れた。子供たちを次々に石にしていくウミボウズに全く歯の立たないカクレンジャーだが・・・。

獣将ファイターとガシャドクロの激闘が始まった。しかしカクレンジャーは敗れ、大地に結界が張られていく。意を決した三太夫は5人に、隠流忍法の始祖である三賢人の話を語って聞かせるのだった・・・。

サスケは那須高原で、麗花と名乗る美少年と出会う。無邪気に振舞う麗花だが、サスケの前に現れたのには、どうやら理由があるようだ。そこへ、バイクにのった妖怪――イッタンモメン出現。その攻撃によって、麗花は傷ついてしまう・・・。

旅を続ける鶴姫の前に妖怪カサバケが出現。鶴姫を助けた三太夫は、半ば強引に鶴姫を屋敷に連れ戻す。何を隠そう鶴姫は「超」がつくほどのお嬢様だったのだ。

サイゾウとセイカイが、妖怪ヌエによって最下級妖怪「へのカッパ」にされてしまった。2人は元の姿に戻ることが出来るのだろうか・・・？

サスケたち4人は苦闘の末、「忍之巻」を手にしてすでに超忍獣を召還できるようになっていた。残るはジライヤだけ・・・。そんな彼の前に、恩師であり育ての親でもあるガリ先生が現れた。ジライヤの父親は昔、何者かに殺害されていたのだった・・・。

来日したガリ先生は、ジライヤに向かって「ジライヤの父を殺したのは自分」だという衝撃の事実を告げる。恩人から「父の仇」となったガリに、全力で立ち向かうジライヤ。スーパーバトルの軍配はどちらに上がるのか!?

大魔王復活のときが迫っていた。石にされた人々を救うため、そして大魔王復活を食い止めるため、カクレンジャーがガシャドクロに挑む。しかし、そこに妖怪軍団の軍師と名乗る白面郎が現れる。その正体は?

白面郎の正体は、死んだはずの鶴姫の父!?　父は人間を裏切ったのか!?　鶴姫は混乱し、苦悩する。そして戦いは一層激しさを増し・・・。

残暑厳しいある日、人間の顔を盗む妖怪ヌッペフホフが現れた。サイゾウと少女ハルカは、ヌッペフホフによって顔を盗まれてしまう。だが、自分の顔が好きではなかったハルカは、むしろ顔を盗まれて喜ぶのだが・・・。

妖怪アマノジャクが村に現れた。どうやら、アマノジャクのキノコを食べた人間は、性格が「あまのじゃく」になってしまうらしい。少年コウスケが慕っていた山寺の和尚さんの様子もどことなくヘンで・・・。

スナカケババアの仕業で食べ物や飲み物が、次々と砂になってしまった。飢えと渇きに苦しむ人々を救うため、カクレンジャーは戦うが、「大魔王と結婚する」という確固たる目標をもっているスナカケババァは強く、苦戦を強いられる。

鶴姫は幼馴染の山咲雪代・月代姉妹と再会を果たす。2人と鶴姫は、実の姉妹のような間柄。だが、再会の喜びもつかの間、2人の妹花代が敵に捕まってしまい・・・。

1000年ぶりにニンジャマンが地球に帰って来た。しかし、当のニンジャマンは壺に閉じ込められたまま、少年に拾われてしまう。壺の奪回を狙う大魔王は少年の妹を誘拐し、カクレンジャーに壺と妹を交換しようと持ちかけるが・・・。

大魔王の1200歳のパーティーが近づいてきた。妖怪ダンスクイーンのカラカサは、カクレンジャーを引き出物にしようと、イエロー・ブルーを捕らえた。このまま2人は、タコ踊りをさせられ、刺身にされ、食べられてしまうのだろうか?

犯人はライフル魔の妖怪、ウシオニ。ウシオニのライフルにはウシオニ自身の遺伝子が入っており、この弾丸で撃たれたものはウシオニ人間に変えられてしまうのだ。母親をウシオニ人間に変えられた少年の悲しみに触れたジライヤの怒りが爆発する!!

しばらく姿を見せなかった講釈師が突如、カクレンジャーの24時間密着取材を開始した。意外にまじめなカクレンジャーの忍術修行の実態などが明らかになる。そして講釈師は大魔王の宮殿へ。人々を恐怖のどん底に叩き込む妖怪たちの謎も明らかになるのか?

妖怪キュウビノキツネが現れた。キュウビノキツネは子供を次々と誘拐し、身代金を奪っていく。俗に「狐の嫁入り」と呼ばれる天気雨が降るとき、今日も子供の姿が消えて・・・。

妖怪チョウチンコゾウは、10000人のゴースト軍団を編成して人々をパニックに陥れようと企んでいた。そして、手始めに5人のゴーストが召還される。その中には、進也少年の祖父がいた・・・。

1200歳になった大魔王の大いなる怒りは、ついに分身妖怪ダラダラを生み出してしまう。さすがにダラダラは強敵。ニンジャマンが捕らえられてしまう・・・。

ニンジャマンのパワーを得て、さらに大暴れするダラダラの前に、我らの三神将が勢ぞろいした!　だが、これこそが大魔王の狙いだったのである。カクレンジャーに最大の危機が訪れる!!

大魔王の分身、妖怪ダラダラの脅威は続いていた。鶴姫たち4人が捕らえられた今、頼みはサスケただ一人。そんなサスケの前に花のくノ一組が立ち塞がった。万事休すと思われた瞬間、2人の忍者がサスケの前に現れて・・・。

今日は12月23日。しかし、サンタの国からやってきたあわてもののチビサンタが、1日早くプレゼントを届けにきていた。そんなチビサンタを襲う、ファンキーな妖怪オオムカデ。一体なぜオオムカデはチビサンタを狙っているのだろうか?

初詣に行き、妖怪退治の決意を新たにするカクレンジャー。しかし、サイゾウがひいたおみくじは、「大凶」だった。その不吉な予兆の通り、カクレンジャーの周辺で不吉なことが起こり始める・・・。

子供たちが相次いで誘拐されている。童話「マッチ売りの少女」に出てきそうな薄幸の少女が、一連の事件の鍵を握っているようだ。サスケは早速、その少女のぞみと接触する。サスケは事件の背景に妖怪がいることを確信するが・・・。

「冷たい女」を自称する妖怪ユキオンナが現れた。仕事熱心な村田巡査は、ユキオンナに襲われた女性を助けたが、その女性の身代わりになって、雪だるまにされてしまう。ジライヤは、村田巡査を救うため、決死の覚悟でユキオンナを追跡するが・・・。

出稼ぎしていた男が、晴れて家族の元に帰って来た。そんな男の心からの笑顔に、カクレンジャーも癒されるのだった。しかし、幸せを取り戻しつつあった家族の前に、妖怪ビンボーガミが現れ、カクレンジャーと家族は一瞬にして貧乏にされてしまう。

山で、男の子が5人も行方不明になってしまった。カクレンジャーは早速、捜索を開始する。しかし、全ては妖怪ヤマンバとダイダラボッチの罠であった。大魔王の兄弟である2人のパワーにサスケたちは苦戦する・・・!

大魔王に操られている白面郎が街に出没し、人々に危害を加え始めた。操られているとはいえ、娘である鶴姫は困惑し、4人の仲間に置手紙を残し、消息を絶ってしまうのであった。

鶴姫が消息を絶ってしまった。人々を守るために、自らの手で父・白面郎を葬ろうとしているに違いないとみたサスケたちは、鶴姫の行方を捜すのだが・・・。

大魔王との最終決戦の火蓋が切られた。街に出現する大魔王を必死で追うカクレンジャーに、三神将は大魔王を倒しても、憎しみが全世界に飛び散るだけだと告げる。大魔王を倒すことは不可能なのだろうか。カクレンジャーに与えられた最大の試練、果たして結末やいかに??