好奇心旺盛なぷにるんず・あいるんは、小学４年生の女の子・ゆかと一緒にくらしている。今日も、ぷにぷにの『あっぷにぱい』を作ってもらい大満足のあいるん。 すると、ゆかのパパの叫び声が聞こえてきた。新しいパンのアイディアが浮かばずに悩んでいるパパ。ゆかの家は、町のパン屋さんなのだ。 さっそく友だちのぷにるんずを呼び、みんなでパンのアイディアを考え始めるあいるん。でも、それはおかしなものばかりで……。

ゆかのところに、親友のあおいが血相を変えてやってきた。 ぷにるんずの赤ちゃん『べびるん』をひろったのだが、どうしていいかわからず、ゆかに相談に来たらしい。 お風呂やごはん、ぷっきんぐなど、あおいにぷにるんずのお世話の仕方を教えるゆかとあいるん。すると、べびるんは、『きいるん』へと成長した。 あおいも同じようにお世話をするが、なぜかきいるんはなつかない。ゆかとあいるんのもと、特訓を開始するあおいだが……。

ぽかぽかと日向ぼっこをしているあいるんたち。そこには、大量のべびぷにもいた。どうやら、らぶるんの魅力に引きよせられて、集まってきたらしい。 その後も、どんどん増えていくべびぷにを、一生懸命お世話をするあいるんたち。ゆかもぷっきんぐで食べ物を作って手伝うが、べびぷには増える一方で……。みんなが困りはてた時、らぶるんが立ち上がった！ らぶるんの大きな愛は、増えつづけるべびぷにから世界を救えるのだろうか⁉

あいるんのおうちでお泊まり会をしているぷにるんず。楽しい時間を過ごして、今はぐっすりと夢の中。 しばらくして、おなかをすかせたうるるんが目を覚ました。起こそうとしても、だれも起きないぷにるんず。うるるんは勇気を出して、一人でごはんを探す冒険に出る。 一方、うるるんがいないことに気づいたあいるんたちは、うるるんを探しにおうちを出る。 泣き虫なうるるんは、みんなと合流し、ごはんをゲットできるのであろうか？

今日は、楽しいハロウィンパーティー。ぷにるんずも仮装して、大盛り上がり。さらにパパとママからパンプキングミをもらって、ごきげんなあいるんたち。 しかし、楽しそうなぷにるんずを見つめる怪しい影が……。その正体は、とてもめずらしいぷにるんず『ばけるん』だった。 うるるんのグミをうばっていくばけるん。あいるんは犯人として、うたがわれてしまう。あいるんは、ばけるんをつかまえようと“ある計画”を立てるのだが……。

クールビューティなくーるんに影響され、オシャレに目ざめたあいるん。 あいるんはくーるんと一緒に、ぷにるんずの世界にあるマーケットに買い物に。ちょうネクタイや王冠など、オシャレなアイテムをそろえていく。しかし、もともとクールビューティな性格じゃないあいるん。いまいち、ビシッとキマらない。 そこでくーるんは、あいるんにレッスンをしてあげることに。果たしてあいるんは、真のオシャレになれるのであろうか？

ひょんなことから、ぺいるんとしょうるん、２人合わせて『ぺこぷに』になってしまったお笑いコンビのぺこぱ。もとのすがたにもどるヒントを探すため、２人はぷにの世界を旅する。 「もとにもどるには、ぷにぷにされなければ！」そう思った２人は、旅の途中で出会ったあいるんたちと交流を深めながら、ぷにぷにし合う。しかし、なぜかぺこぱには戻れない。あきらめかけた その時、２人の前に学校から帰ってきたゆかが現れて……。

もうすぐ運動会。しかし体育が苦手なあおいは、「自分も、えねるんみたいに運動神経がよかったらなぁ」と、気分が晴れない。 そんな時、運動会というものに興味を持ったぷにるんずは、いろんな種目で競い合っていた。 一生懸命、えねるんを応援するあおい。しかし、おっちょこちょいなところが裏目に出て、失敗ばかりのえねるん。がっかりするあおいだが、負けても楽しそうなえねるんを見て、気持ちに変化があらわれはじめる。

ゆかとあおいの写真を見ているぷにるんず。でも、昔の写真にあいるんの姿がない。そういえば、あいるんとゆかちゃんの出会いって、どんな感じだったの？気になるぷにるんずに、ゆかは語り始める。 あれは、よく晴れた日だった。こむぎと公園に行ったゆかは、ひとりでブランコに乗るあいるんと出会う。はじめて頭をぷにぷにとなでてあげた時、２人はその感触に衝撃を受ける。そこから、あいるんとゆかの不思議な交流が始まった。

もうすぐ、あおいちゃんの誕生日。おいしいケーキを作ってあげたいゆかは、ママの秘密のレシピから『隠し味』の情報を盗み出そうと考える。 ママに見つからないよう、隠し味が書かれたノートを奪うのだ！動き出すエージェントぷにるんず！しかし数々の障害が、彼らの前に立ちはだかる！ ぷにるんずはミッションを成功させることができるのか⁉ゆかは最高のケーキを作れるのか⁉そして、ママの『隠し味』の正体とは⁉

あいるんたちの前に、とってもイタズラっ子のぷにるんず『とげるん』があらわれた。 体のトゲで風船をわったり、あいるんの背中にチクッとしたり。いろんなイタズラをしかけては、シシシ！と笑いながら逃げてゆくとげるん。これには、あいるんたちもプンプン！ ゆかは、あいるんたちの怒りをおさめるため、ぷにんあらもーどを作ってあげることに。ようやく笑顔がもどるあいるんたち。しかし、そこにも とげるんがあらわれて……。

明日から、泊まりがけで出かける予定のゆかの家族。あいるんはワクワクしすぎて、なかなか寝つけない。 そして、次の日--。目が覚めてガーン！とショックを受けるあいるん。なんと、自分だけ家においていかれてしまったのだ！ 　そこに遊びにきたえねるんたち。だが、あいるんのすがたを見て、ビックリ。なんと、さびしさで体がドロ～ンととけていたのだ。元のすがたにもどしてあげようと、がんばるえねるんたちだが……。

今日はクリスマス。はりきってパーティの準備をしているゆか。だが、ふとクリスマスツリーのてっぺんの星かざりがないことに気づく。 　--と、そこにあらわれたのは、星のようなめずらしいぷにるんず『はぴるん』。だれにも見つからず、みんなをハッピーにするのが、はぴるんのお仕事。でも、あっさりとあいるんに見つかってしまう。 そこではぴるんは、あいるんと協力しクリスマスツリーの星を見つけようと動き出すのだが……。