あいるんが住む ゆかの家はパン屋さん。　ぷにぷにおいしいパンがあるゆかの家には、えねるん・らぶるん・うるるん・くーるんたち、ゆかいなぷにともが集まってくる。　ある日、あいるんのおうちが光ったかと思うと、ぷしぎな“あんてな”が出現。　キラキラ輝くと、“ともるん”がやってきた！　ともるんって、どんな子だろう。　あいるんたちは、ともるんとぷにともになれるかな？

あいるんと一緒に暮らし始めたともるん。　ゆかにお世話をしてもらいながら、毎日楽しくすごしている。　しかしベッドが小さく、寝ている間に何度か落ちてしまった二人。　大きなベッドを探しに、ぷにるんずが住む『ぷにランド』へ行くことに。　お買い物に夢中になり、なかなかベッドが買えないあいるんとともるん。　ぷにっとジャンプをクリアすると、大人気の『ほしのカチューシャ』がもらえることを知った二人は、張り切って挑戦するのだが……。

きょうはハロウィン。　人間の世界に来て間もないともるんは、『ハロウィン』を知らない。　あいるんたちぷにともに、『ハロウィン』とは何かをたずねるともるん。　しかし誰もちゃんと説明できない。　そんな中、「トリックオアトリート」と言うと、お菓子をもらえることを思い出したあいるん。　みんなで、ぷにランドに行ってお菓子をもらおうと計画する。　はたして、あいるんたちはたくさんのお菓子をもらえるのか？

うるるんが、ぷしぎなぷにるんずと遭遇した。　その子はキラキラ美しい光を放っていたが、すぐに消えてしまったと言う。　それはぷにとものゆにるんだ、と答えるともるん。　ゆにるんとは、伝説のぷにるんず。　ぷしぎな力を持ち、自由に空を飛び回り、めったに出会うことができないらしい。　あいるんたちは、ゆにるんを探しに出かける。　そんな中、ゆかとあおいは、不思議な少女“ゆにこ”と出会っていた。

かくれんぼをしてあいるんとともるんが遊んでいると、カラスが飛んできた。　その背中に乗って、どこかに飛んでいってしまうともるん。　心配になったあいるんは、ともるんを探しに行くことに。　その後も、ネコのこむぎの背中に乗って冒険するともるん。　ついにはとげるんと遭遇し、ぷにともになろうと近づく。　ともるんは、いたずらっ子のとげるんと仲良くなれるのか？　そして、あいるんはともるんを見つけ出すことができるのか？

きょうは一年で一番、満月が大きく見えるスーパームーン。　あいるんたちは、みんなで満月を見ることに。　しかし空が曇っていて、満月は見えない。　すると、あいるんのおうちのあんてなが光り、ともるんのぷにともがやってきた。　三日月のような形をしたひかるんだ。　ひかるんは満月にもなれる、と自慢げに語るともるん。　しかし、照れ屋なひかるんは、ぷにランドに逃げてしまった。　あいるんたちは、満月を見ることができるのだろうか。

ぷにともつーしんで“ぷにとも５”がやってきて、ご機嫌のともるん。　同じ頃、あいるんはふくれっ面だった。　どうやら、えねるんとケンカをしてしまったらしい。　ゆかとあおいに言われ、お互い謝りに出かけるあいるんとえねるん。　しかし行き違いばかりで、全然会うことができない。　会いたい気持ちが高まるあいるんとえねるん。　すると、えねるんのおうちに、ぷしぎな“あんてな”が現れて……。

宿題を終わらせて、早くあいるんとともるんをぷにぷにしたいゆか。　あいるんとともるんは、宿題の邪魔をしてはいけないと、ぷにランドへ行く。　宿題を終えたゆかだが、あいるんとともるんがいないことにガックリ。　しかし、おうちのあんてなが不思議な光を放つと、ゆかはぷにランドへ来ていた。　体が小さくなったことで、あいるんやともるんとぷにぷになハグができて超～幸せなゆか。　その後も、ぷにランドを楽しもうとするのだが……。

写真を見ながら、「あいるんと初めて一緒にパンを作った日」や「あいるんがおうちに来た記念日」の話をしているゆかとあいるん。　あおいは、きょうがあいるんとゆかが出会った記念日だと知る。　それを聞いたらぶるんは、二人に内緒でお祝いをしようと考える。　えねるん、うるるん、くーるん、ともるん、そしてあおいと共に『記念日サプライズ大作戦』を開始するらぶるん。　果たして、らぶるんが立てた作戦とは……？

なんだか、アンラッキーなことばかり起きるぷにるんず。　すると、ぷにともつーしんで『えんじぇるん』がやってきた。　えんじぇるんの放った矢に当たると、ラッキーなことが起こるらしい。　しかし、えんじぇるんはノーコンで、矢はまったく当たらない。　奮闘するえんじぇるんだが、矢はとげるんに当たり、なんと、とげありととげなしに分裂！　もう一度矢を当てると元の戻るかもと、とげるんを追いかけるえんじぇるんだが……。

こむぎと遊びたいともるん。　肉球をぷにぷにしようとするが、気まぐれなこむぎは、どこかへ行ってしまう。　すると、ぷにともつーしんでネコみたいなぷにるんず『にゃるるん』がやってきた。　まるでのネコのような運動神経とかわいさで、あいるんたちの人気者になるにゃるるん。　ヤキモチをやいたこむぎは、にゃるるんに対抗意識を燃やし、張り合うように。　ともるんは、にゃるるんとこむぎに仲良くなってもらおうとするのだが……。

ゆかの家で、クリスマスパーティーの準備をしているあいるんたち。　ゆかのパパとママも手伝ってくれて、ケーキが完成。　それを見たともるんは、「ぷにとものみんなと一緒に食べたい」と思う。　すると、その気持ちに反応して、ぷにともつーしんでたくさんのぷにともがやってきた。　ケーキが足りないと、追加で作るあいるん。　しかし、がんばりすぎて倒れてしまう。　ともるんは、自分のせいだと落ち込んでしまい……。

お正月旅行で、常夏の島にやってきたゆかの家族とあいるん・ともるん。　キレイな海で楽しく遊んだり、おいしいパンを食べたり、とても楽しんでいる。　ゆかたちが食事の後片付けに行くと、あいるんとともるんは食器に乗ったまま、ウトウト……。　気づくと、海に出ていた。　さあ大冒険のはじまりだ。　大海原を楽しんでいた二人だが、そこにサメのような影が近づいてきて……。

きょうはお寿司屋さんに連れて行ってもらえると、楽しみにしているゆか。　だけどパパがパン作りに行き詰ってしまい、お寿司はまたの機会になってしまう。　残念がるゆか。　すると、ぷにともつーしんでぷにともの『すしるん』がやってきた。　ゆかは、お寿司そっくりのすしるんずに興味津々。　人間の世界のお寿司のことを聞かれたゆかは、回るお寿司が大好きと答える。　すしるんずは、自分たちも“回るお寿司”になろうと張り切るが……。

突如、ぷにランドで始まる謎の追いかけっこ。　追う側は、ともるん率いるグラサンぷにたち。　逃げる側は、あいるんたち、いつものぷにるんず。　チームともるんは、全員を『ぷにかご』に捕まえることができるのか？　対するチームあいるんは、迫り来る追っ手から逃げきり、公園にある旗を取ることができるのか？　互いのプライドをかけた真剣勝負が、今はじまる！

いつも通り、なかよく過ごしているえねるんとあおい。　すると、あおいが突然、大慌てで水族館に行ってしまった。　置いていかれたえねるんは、ショックとさびしさで溶けてしまう。　ぷにともつーしんで、えねるんのおうちに遊びにきたあいるんとともるんは、溶けたえねるんを見てビックリ！　あいるんとともるんは、えねるんを元の姿に戻そうと奮闘するが……。

新作スイーツパンを作るが、どこかひとつ物足りないゆか。　すると、ぷにともつーしんでぷにランドの人気パティシエ『かぷるん』がやってきた。　おいしいスイーツを作るのが得意なかぷるん。　しかし食べるのも大好きで、作っては次々に味見がてら食べてしまう。　そして食べまくった結果、体が大きくなったかぷるんは、自分のカップに入れなくなってしまい……。

バレンタインデーになると、ゆかの家のパン屋は大忙し。　ゆかは、バレンタインデーを知らないともるんに、『一年に一度の勝負の日』と教える。　それを聞いたともるんは、ぷにランドに行き、チョコグミをどれだけのぷにともに配れるか、自分との勝負に出る。　山積みになっている大量のチョコを手に入れたともるん。　あいるんと協力し、今日一日で全部 配り切れるのだろうか……？

あいるんとともるんがケンカをした。　理由は、あいるんがともるんとの約束をうっかり忘れてしまったかららしい。　その様子を見ていたゆにるんは、あいるんに「ともるんと仲直りしてほしい」と頼む。　だが、なかなか素直になれないあいるん。　雨の中、一人たたずむともるんを見て、ゆにるんはともるんとの過去を思い出す。　ゆにるんとともるん、二人の間には一体どんな出来事があったのだろうか……。

きょうのぷにるんずは、どこかおかしい。　意地悪なあいるん、暴れん坊のうるるん、そうじ嫌いのくーるん。　みんな、いつもと真逆の性格なのだ。　それどころか、らぶるんは魔法使いに、えねるんは王子様になっている。　ぷにるんずが織り成す『ぷしぎな世界』をさまようともるん。　一体、ぷにるんずになにが起こっているのだろうか……。

あいるんとともるんは、ぷにランドで音楽イベント『ぷにるんずフェスティバル』を開こうとしていた。　ビッグなゲストを呼びたいあいるん。　ぷにともつーしんでやってきたぷに界のスター『うたるん』に、出演のOKをもらう。　そうしてフェス当日を迎えるが、なかなかやって来ないうたるん。　人気者ゆえに、あらゆる場所でファンに囲まれ、会場までたどり着けないらしい。　みんなに時間稼ぎをしてもらっている間に、あいるんが迎えにいくことになるのだが……。

ぷにるんずが、どこかへお出掛けしていく。　あいるんがキャンプ動画を見て、キャンプをしたくなったらしい。　ゆかの家の庭にテントを張って、お泊り会を開くぷにるんず。　野外でごはんを食べたり、お風呂に入ったり。　さらに、夜は怖い話をして大盛り上がり。　しかし、テントの外で物音が……。　誰かいる……？　その正体を探るため、怖がりながらも、ぷにるんずはテントの外に出る。　はたして、物音の正体は……。

ゆにるんに会うため、ともるんはぷにランドへと旅立つ。　その頃ゆにるんは、ぷにランドにある『ぷしぎな森』の奥深くにいた。　ぷしぎな森に入ったともるんだが、道に迷ってしまい、なかなかゆにるんの元にたどり着けない。　そして、ついにはさびしさから溶けてしまう。　一方、人間世界にいるあいるんたち。　ともるんが心配になり、探し始めるが……。

力を使い果たし、眠ってしまったゆにるん。　ともるんは、ゆにるんと出会った日のことを話しはじめる。　ともるんは、ぷにランドを旅する旅人ぷにるんずだった。　色んな所を旅しては、ぷにともを作っていた。　そんなある日、道に迷ったともるんは、『ぷしぎな森』に入る。　ともるんとゆにるん、二人の過去が、いま明かされる。

カチカチに閉じ込められたゆにるんを助けるため、ぷしぎな森にやってきたともるんたち。　しかし、ゆにるんがいる森の奥には入れなかった。　落ち込むともるん。　だが、あいるんはふと気づく。　ゆにるんからもらった『ほしのカチューシャ』が光を放っていることに。　ともるんは、あいるんたちと力を合わせて、スキンシッぷに！　この想い、ゆにるんに届け！　ぷにるんずは奇跡を起こし、再びゆにるんに会うことができるのだろうか。