カローデンの戦いを生き延びたジェイミーはイングランド軍の手に落ちるが、ある過去の出来事によって命がつながる望みが出てくる。一方、1940年代のボストンでは、夫フランクがハーバード大学に職を得たため、身重のクレアが母親と教授の妻という役割を果たそうと奮闘していた。

人里離れた洞窟で孤独な日々を送るジェイミー。しかし、赤毛のジェイミーの名で知られるジャコバイトの反逆者を追って、赤軍服がラリーブロッホに現れる。一方、ボストンではブリアナの誕生から4ヵ月が経っていたが、クレアとフランクの仲は改善していなかった。

投獄されたジェイミーの前にかつての敵が刑務所の所長として現われ、ジェイミーの運命は彼の手に委ねられる。一方20世紀のボストンでは、クレアとフランクが仮面夫婦を続けながら、ブリアナの親としては協力し合って生活していた。だが、フランクの愛人とクレアが鉢合わせになり遂に破綻が訪れる。

ヘルウォーターのダンセーニ卿の屋敷で、馬の世話係として働き始めたジェイミー。そんな彼にダンセーニ卿の娘のジェニーヴァが好意を寄せるようになる。しかし、彼女にはエルズミア伯爵という年老いた婚約者がいた。一方、1968年では、アーツミュア刑務所が閉鎖されたという記録を見つけたクレアがジェイミー捜しに躍起になる。

本当の父親は18世紀のハイランド人だという人生が一変するような事実を知り、徐々に動揺を見せ始めるブリアナ。そんな娘を支えていこうとするクレアだったが、ロジャーがもたらした知らせによって2人は耐え難い決断を迫られる。ロジャーは、ジェイミーが1765年にエディンバラで印刷屋として働いていたという証拠を発見していたのだ。

数十年の時を経て、ジェイミーとクレアは遂に再会を果たし、心と肉体の絆を確かめ合う。クレアの出現に最初こそ気を失うほど驚いたジェイミーだったが、もう二度と会えないと思っていた妻の帰還を何とか受け止めようとする。クレアは2人の娘ブリアナの写真を見せ、彼女自身は20世紀に戻った後、医者になったことを話す。

マダム・ジャンヌの娼館に戻ったジェイミーが目の当たりにしたのは、重傷で床に倒れたジョン・バートンを見つめるクレアの姿だった。バートンの雇い主は、ジェイミーが密輸のために賄賂を渡している税務官サー・パーシヴァル・ターナーだ。ジェイミーは娼館に隠した違法な酒をパーシヴァルの部下が探しに来ることを心配するが、クレアはバートンを救うために手を尽くすと言って譲らない。

エディンバラの印刷屋が火事に遭い、ジェイミーと共にラリーブロッホへ戻ったクレアはかつてのようにジェイミーの姉であるジェニーたち一家と共に暮らそうと決心していた。ジェイミーからヤング・イアンをかくまっていたことを聞いたジェニーだったが、クレアが突然戻ってきたことに関しては納得がいかず、ジェイミーが再婚話をしていないことにも疑問を抱く。

ヤング・イアンがポルトガル船の水夫たちにさらわれたのを見て、ジェイミーはいとこのジャレドに頼み、クレアと共にジャマイカ行きの船に乗り込む。しかし乗組員たちが彼らを災いの元と見なしている上に、ファーガスがリアリーの娘であるマーサリを連れて乗り込んで来てジェイミーは言葉を失う・・・。

クレアを乗せたポーパス号がジャマイカへ向けて出航したのを見たジェイミーは、レインズ船長に後を追うよう要求。しかし、船長は速度を上げるより安全を優先すると言い、ジェイミーの要求を退ける。そして、騒ぎを起こさぬよう食品庫にジェイミーを閉じ込めてしまう。クレアが乗る艦を見失うことを恐れたジェイミーは、レインズが持ってる食品庫の鍵を奪ってくれば、マーサリとの結婚を許すとファーガスに言い渡す。

クレアはイングランドの艦船、ポーパス号から海へ飛び降り、カリブ海のサン=ドマング島に流れ着く。食べ物も水もない状況で、暖を取ろうと焚き火を起こすが、気がつけば脚にはびっしりカミアリの大群が。さらに大蛇をやりすごしたものの、行き倒れてしまったクレアは、人里離れた大農場で目を覚ます。そこにはフォグデン神父と、彼の亡き妻の母親、ママシータが住んでいた。

ヤング・イアンはブルージャ号でさらわれ、ジャマイカでゲイリスに引き渡される。ゲイリスは自白効果のあるお茶で、宝をジェイミーが見つけていたことを聞き出す。宝からジェイミーがジョンに渡したサファイアを取り返そうとしていた。クレアたちもジャマイカへ。奴隷として売られたかもしれないという情報をもとに奴隷市場へ。ジャマイカ新総督がブルージャ号から奴隷を買ったという情報を得て、新総督の開く祝宴に参加を決める。

ジェイミーが海軍に拘束され、クレアはヤング・イアンを助けるべく、ゲイリス・ダンカンの屋敷ローズ・ホールへと向かう。押し問答をするうちに、クレアは未来に戻っていた時のことを話すが、それを聞いたゲイリスは、クレアの娘ブリアナこそが、スコットランド再興の予言をかなえるための鍵だと気づく。一方、ファーガスとマーサリから知らせを受けたジョン・グレイ卿は、レナード艦長に命じてジェイミーを解放する。